Gegründet wurde die Brennerei 1823 durch James Findlater, Donald Mackintosh und Alexander Gordon. Der Name Mortlach wird unterschiedlich gedeutet, neben den Übersetzungen „großer grüner Hügel“ oder „schüsselförmiges Tal“ wird er manchmal als „Massaker an den Wildgänsen“ übersetzt, wobei mit „Wildgänsen“ das dänische Heer gemeint ist, welches vom schottischen König Malcolm II. im Jahr 1010 in der Gegend um Dufftown geschlagen wurde.

Ursprünglich firmierte die Brennerei unter dem Namen Dufftown Distillery und gehörte eine Zeit lang John und James Grant von Glen Grant, später dann George Cowie, bevor sie über die Distillers Company Ltd. ( und die United Distillers schließlich zu Diageo kam, in deren Besitz sie heute noch ist.

Das Wasser der zur Region Speyside gehörenden Brennerei stammt aus Quellen in den Conval Hills.

Für schottische Whiskys unüblich wird bei Mortlach ein Teil des Whiskys in einem Dreifach-Destillationsverfahren gebrannt, wie man es sonst eher aus Irland kennt.